Evrim teorisi ile ilgili bir soru

[sdeceokuyangenç]

neutrino said:

sdeceokuyangenç said:

Zaten olay o bu bir teori.

Sen bayagi bilmiyormussun olaylari ya.

http://www.notjustatheory.com/

Kelime seçerek boş boş konuşunca çok biliyor olmuyorsun gerçekten. Mevcut bilinenlerin kanıtlanabilirliğini sorgulamadım eksik ve henüz bilinmeyen kısımların olabileceğinden bahsettim. "BU BİR TEORİ YA KANITLANMADI PIFFF" kafasında insanlarla tartışmışsın herhalde ki refleks olmuş. Öyle devam et attığın her link söylediğim şeyleri destekliyor hala da sıkılmadın ya lol

edit: diğer mesajları ve linkleri tek tek okuyorum bu arada

[XLegolas]

Teori kelimesinin cift anlamli olmasindan oturu ortaya cikan kavgalarin haddi hesabi yok sdf. Bence evrim bir model denmeli ve daha sonra tartisalacak iki sey var

1- Dogada gozlemlenen neleri aciklayabiliyor? Eger cok fazla birseyi aciklamiyorsa faydasiz bir modeldir. Eger cok fazla seyi acikliyorsa orda da bir sorun olabilir. Mmesela evrim modeli ile sayilarin neden sifira bolunemedigini acikliyorsa bir durup dusunmek lazim. Evrim amatorlerinin en cok dustugu hatalardan biri gordukleri her olayi evrimle yorumlamaya calismak. "Just because it makes sense does not mean it is true" (turkce yazinca bu kadar karizmatik olmadi sdf).

2- Dogada gozlemlenen hangi olaylar evrim modelini acikliyor (benim dunyaya olan bakis acimdan oturu, acikliyor demek once molekuler duzeyde aciklamak daha sonra makrosistemlere gecmek demek)? Bu ilk sorudan cok ama cok farkli bir olay. Evrimi kanitlamanin bir tanimini yapmak mumkun olsaydi eger eminim o tanim bu kategorideki gozlemleri icerirdi ilk kategorideki degil. Bazilari dunyada gordukleri her olayi evrimle aciklamaya calisip bunun evrimi "dogru" bir model yaptigini iddia ediyorlar. Yanlis. Bu sadece evrimi faydali bir model yapiyor.

Doga bilimlerinde ise teori zaten bir model olusturmak demek. Gunluk hayatta ise somut gozlemlerle desteklenmemis soyut bir fikir anlamina geldigi icin genelde evrim bir teoridir diye baslayan her tartisma insanlarin birbirini girtlaklamasi ile son buluyor.

[KillJoy]

şimdi uçup gitmişsiniz de.. bakterilere bakacak olursak; bakterilerin antibotiğe karşı dirençli hâle gelmesi, onu yine bakteri yapar, yeni bir tür değildir o, dolayısıyla benim gözümde adaptasyondur ya da mutasyondur,evrim değil!(yamuluyor muyum?) Lenski deneyi de beni pek tatmin etmedi, evrim sonuçta farklı bi türdür yani en azından fiziksel değişim şarttır. Geçenlerde bir haber vardı, çölde yaşayan bir topluluğun içtiği suya bakmışlar, inanılmaz bir arsenik değeri çıkmış. Bizden biri orada 1 seneden fazla yaşayamazmış, bu dozda bir arsenikle.. adaptasyon her yerde var. mutasyon da ok. ama evrim deneyi diye bişi bilmiorm. çok tatminkar değil.

Evrimi kanıtlayan şey bence direk fosiller.

ayrıca, teori yerine de kuram demek sanırım daha mantıklı olacaktır. Türkçe için.

[Feamer]

http://i2.kym-cdn.com/photos/images/original/001/016/865/a3f.gif

[Anelor]

XLegolas said:

Anelor said:

Gördüğüm kadarı ile konuyla ilgilisin ancak biraz bilgi eksikliği ve kirliliği var :) Öncelikle akıllı mutasyon diye bir olgu yok. Mutasyon random bir event ancak DNA'da belli bölgelerin mutasyona uğrama olasılığı diğerler bölgelere göre daha yüksek. Bu bölgeler DNA sequence'ine ve/veya DNA'nın structural organizasyonuna bağlı.

Iyi sallamisin ama benim de hatam var cunku terminoloji hatasi yaptim. Genetik bolumunden mezunum ama bu konularla ilgilenmeyeli 6-7 sene oldugu icin terminolojiyi cok dogru kullanmiyor olabiliri. Mutasyondan ziyade genetik degisiklik mekanizmasi demek daha dogru olurdu.
Akilli dedigim sey ise clever design falan gibi bisey degil. Sadece yeni bir fonksiyon kazandirma olasiligi cok daha yuksek olan gen degisiklikleri. En basit ve ilk anlasilanlardan biri:

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication

Bu kesinlikle random bir degisiklik degil. Mesela tamamen fonksiyonel olan bir gen bolgesi kendini kopyalayip tekrar dna icersine yerlestirebiliyor. bu durumda urettigi proteinin tek aktif bolgesi olmak yerine iki tane aktif bolgesi oluyor ve verimi artiyor. bu tarz bir gen degisikliginin, gelisi guzel bir mutasyona kiyasla iyi bir sonuc dogurma olasiligi cok daha yuksek. baska mekanizmalar da mevcut mesela bakterilerin dis cevrelerinde bulduklari genleri alip kendi sistemlerine dahil etmeleri gibi. bunlara mutasyon diyebilirsin de demeyebilirsin de dogru terminoloji nedir bilmem ama evrimsel degisikligi tetikleme ihtimali cok daha yuksek gelisi guzel mutasyonlara kiyasla. Gelisi guzel mutasyonlarin zaten zararli olmaktan ziyade hic bir etkisi olmamasi ihtimali daha yuksek. oncelikle DNAnin protein uretiminde kullanilan kisimlarina gelme ihtimali cok dusuk. onun disinda genelde dna icersinde tek bir nucleotide degistigi zaman ayni aminoasidi kodlama ihtimali hala var (bunun da bir ismi vardi ama unuttum). Ama eskaza bir nucleotide degismez de silinir veya yeni bir nucleotide eklenirse o zaman butun frame kayar (frameshift mutation) ve ortaya tamamen alakasiz bir protein de ortaya cikabilir. o yuzden random mutationlarin evrimsel acidan iyi bir sonuc dogurma ihtimali oldukca dusuk.

son 10 yil icersinde anlasilmaya baslayan gen degisiklikleri bunlar. daha bir cok mekanizma daha vardi ama genetik bolumunden mezun olali 8 yil oldu yaklasik ve o zamandan beri pek ilgilenmedim acikcasi. gen terapisi denen sey de gerekli genleri viruslere yukleyerek bu mekanizmayi kullanmaya calisiyor misal ama henuz daha cok basarili olduklarini sanmiyorum.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38434/

Abi attığın linkleri kendin okumuyorsun sanırım. Bu tip mutasyon random değil diye attığın mutasyon randomun kralı. Dediğim gibi 6-7 senedir alakan olmadığı için bildiğini unutmuş kalanları da baya çorba yapmışsın.

Duplication'ı linklemişsin bu kesinlikle random değil diye wikiden bak 5 mekanizma var orda hepsi random.

Ectopic recombination: Unequal crossing-over sonucu deletion veya duplication oluşması. Crossing-over'ın random bir olay olduğunu lise de öğretiyolar sanırım.

Replication slippage: DNA replication sırasında hata olması sonucu duplication oluşması. Random'um ben hata olursa oluşuyorum diye bağırıyor.

Retrotransposition: Bu baya ilginç bir olay wiki'de virüs zart zurt yazılmış da pek doğru değil. Zaten farkedersen citation yok :) Neden olduğunu kontrol mekanizmasını vs hala tam olarak bilinmiyor. O yüzden bu random'dur değildir diyemeyeceğim. Ancak şuanki genel algı bunun da diğer mutasyonlar gibi random bir event olduğu.

Aneuploidy ve Whole genome duplication: Hücre bölünmesi esnasında hata sonucu bir chromosome'un ya da bütün genome'un ekstra kopyasının offspring'e geçmesi. Gene hata sonucu oluşuyo random.

Üretilen protenin bir aktif bölgesi varken iki oluyor falan demişsin ne alaka yahu? Gene dosage dolayısı ile duplication varsa o gen'den üretilen protein sayısı artabilir anca illa artacak diye bişey yok tabi ki. Upstream regulatory elements, epigenetics, post-transcriptional regulation mekanizmaları gibi zibilyon tane faktör var işin içinde DNA düzeyinde bir genin sayısının belli katlarına çıkması expression'ının da doğru orantılı olarak artacağı anlamına gelmez.

DNA haritasından bakterilere ben geçmedim "Ama sen gelip de tek hucreli bir canlinin tartismasiz bir sekilde evrilmesine sebep olarak akilli mutasyonlar oldugunu gosterirsen lab ortaminda, o zaman evrimin bir teori olarak bir nebze kanitlamis olursun" demişsin sen bende bunu nasıl yapılacağını, hatta yapılmışını yazmışım. :)

Mutasyon random bir olaydır. Ancak bu mutasyonlar DNA üzerinde tamamen random bölgelerde oluşucağı anlamına gelmez. Chromatin structure, DNA seqeunce gibi etkenler DNA'nın belli bölgelerinin mutasyona diğerlerinden daha yatkın olmasına sebep olur ve mutation hotspot'lar oluşturabilir. Belli bi nokta'da hotspot olması illa mutasyon olucağı anlamına da gelmez çünkü mutasyon random bir olaydır. Sen bunu baya bir karıştırmışsın.

[XLegolas]

random mutation dedigim sey benim external etkiler yuzunden tek bir residuenun degismesi, silinmesi ya da eklenmesi. point mutation yani. yoksa bakterilerin hmm bugun evrilmem lazim o zaman duplication yapayim dedigini var saymiyorum. ama gen degisikliklerinin daha islevsel temelleri oldugunu anlatmaya calismiyorum uzaydan gelen bilmemne isinlarinin yol actigi gelisigusel mutasyonlar olmaktan ziyade. yani hucre icersinde kodlanmis bir islev oldugunu soyluyorum. bugune kadar halka bu henuz yanisitilamadi. gen degisikliklerinin hucrenin cevresinden besin edinmesi gibi sadece bir islev oldugu yansitilamadi. daha cok gelisiguzel zamanlarda tamamen sans eseri ortaya cikan anomaliler gibi yansitildi (molekuler mekanizmasi cok anlasilmadigi icin). bu mekanizmalar lab ortaminda anlasilikdikca genetik muhendisligi ortaya cikti ve aslinda su an evrimi "drive" eden mekanizmalari kullaniyor genetik muhendisligi ama bir cok insan bunun farkinda degil. ilerde bu metodlar uzerine ustalasip da playdoh oynar gibi hucresel boyutta mutasyon yapilmaya baslandigi zaman dinci kesmin da fikirlerini yenilemesi gerekecek.

[XLegolas]

Anelor said:

1- Üretilen protenin bir aktif bölgesi varken iki oluyor falan demişsin ne alaka yahu? Gene dosage dolayısı ile duplication varsa o gen'den üretilen protein sayısı artabilir anca illa artacak diye bişey yok tabi ki. Upstream regulatory elements, epigenetics, post-transcriptional regulation mekanizmaları gibi zibilyon tane faktör var işin içinde DNA düzeyinde bir genin sayısının belli katlarına çıkması expression'ının da doğru orantılı olarak artacağı anlamına gelmez.

2- DNA haritasından bakterilere ben geçmedim "Ama sen gelip de tek hucreli bir canlinin tartismasiz bir sekilde evrilmesine sebep olarak akilli mutasyonlar oldugunu gosterirsen lab ortaminda, o zaman evrimin bir teori olarak bir nebze kanitlamis olursun" demişsin sen bende bunu nasıl yapılacağını, hatta yapılmışını yazmışım. :)

3- Mutasyon random bir olaydır. Ancak bu mutasyonlar DNA üzerinde tamamen random bölgelerde oluşucağı anlamına gelmez. Chromatin structure, DNA seqeunce gibi etkenler DNA'nın belli bölgelerinin mutasyona diğerlerinden daha yatkın olmasına sebep olur ve mutation hotspot'lar oluşturabilir. Belli bi nokta'da hotspot olması illa mutasyon olucağı anlamına da gelmez çünkü mutasyon random bir olaydır. Sen bunu baya bir karıştırmışsın.

1- Soyle oluyor: bir protein sentezlenecegi zaman dna uzerinde nukleik asit kodu aminoasit koduna cevrilir (muhtemelen bildigin uzere). bu aminoasit kodu proteinin hangi bolgesinde hangi aminoasitler olacagini belirler, proteinin ne sekilde olacagini belirler, hangi aminoasitlerin ic kisimda olacagini, hangilerinin disarida olacagini. Ayni sekilde proteinin uzerindeki bazi aminoasitler, proteinin aktif bolgesine tekabul eder ve belirli bir kodu vardir. eger ki sen bunu kodlayan nukleik asit bolgesini duplicate eder ve onu yakinda bir yere sokmayi basarirsan, bu protein sentezlendigi zaman iki tane aktif bolgesi olan bir protein olusmus olur. (tabi bu soylendigi kadar kolay bir is degil proteinin yeni yapisiyla katlanip katlanamayacagini anlamak icin simulasyonlar vs yapmak gerekir oncesinde). bu bir gain-of-functiondir.

Gelisiguzel ya da random degil dememin sebebi de su, tanimi geregi yeni bir fonksiyon yaratma temelli bir genetik degisikliktir. halbuki point mutationlar sonucu random olan mutasyonlardir. yani ben random dedigim zaman random olarak gerceklesen degil hucreye olan etkisi random demek istiyorum daha cok.

2- Hala bence evrim modelinin acikladigi gozlemlerle, evrimin mekanizmasini aciklayan gozlemleri birbiri ile karistiriyorsun. daha once verdigim ornegi gelistirirsem sen yolda giden arabalara bakip bak araba calisiyor diyorsun ben ise sana diyorum ki icini acip nasil calistigini anlamak da mumkun olacak yakinda sadece calistigini onaylamak degil.

3- Mutasyon random bir olaydir demek her zaman dogru degil. bazi mutasyonlar ya da genetik degisiklikler daha cok hucrelerin islev olarak yerine getirdigi kimyasal reaksiyonlardir. mesela bir bakterinin cevresindeki genleri icersine alip fonksiyon kazanmaya calismasina ben acikcasi random mutasyon demem bakterinin zamanla gelistirdi bir islev derim. Buna benzer baska mekanizmalar da zamanla ortaya cikiyor. Sen buna random bir olay dersen o zaman bakterinin cevresinden besin edinmesine de random demek zorundasin, kimyasal reaksiyonlara da (ki aslinda random mis gibi modelleniyorlar zaten cok karmasik oldugu icin ama o ayri konu sfds). Iste random degil derken anlatmaya calistigim sey bu.

dip not: lab calismasi yapmayi biraktim yoksa matematiksel modelleme vs gibi seylere devam ediyorum ama genetikten ziyade protein function ve structure tarzi seyler

[XLegolas]

aha iste buldum ya sunu ariyordum

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_cassette

said:

A gene cassette is a type of mobile genetic element that contains a gene and a recombination site. Since each cassette usually only contains a single gene these genetic elements tend to be very small; 500–1000 base pairs. They may exist incorporated into an integron or freely as circular DNA.[1] Gene cassettes can move around within an organism genome or be transferred to another organism in the environment via horizontal gene transfer. These cassettes often carry antibiotic resistance genes. An example would be the kanMX cassette which confers kanamycin (an antibiotic) resistance upon bacteria.

Ben lab islerini biraktigimda yeni yeni ortaya cikiyordu bu ama ben buna akilli mutasyon derim iste. point mutation denen sey cevrenin etkisiyle hucrelerde meydana gelen bir anomali ama bu tarz olaylar hucrelerin gen degistirme isini bir fonksiyon haline getirebildigini ve dolayisiyla "daha akilli" gen degisikleri yapabildigini ve random mutationa kadar random olmayan mutationlar da yapabildiklerini gosteriyor. dikkatini cekmek isterim ki bu bolunme sirasinda falan gerceklesen bir olay degil. herhangi bir cogalma olmadan, bir bakterinin yaratip baska bakterilere aktardigi gen parcalari.

[XLegolas]

KillJoy said:

şimdi uçup gitmişsiniz de.. bakterilere bakacak olursak; bakterilerin antibotiğe karşı dirençli hâle gelmesi, onu yine bakteri yapar, yeni bir tür değildir o, dolayısıyla benim gözümde adaptasyondur

guzel bir soru ama ikisini de "drive" eden mekanizmalar benzer olabilir. cunku senin adaptasyon dedigin bu olay da genetik degisiklikler sonucu meydana geliyor.

[Utk]

https://www.youtube.com/watch?v=iGM2U8ZeRbc



şöyle bi oyun var evrim sürecini daha iyi algılayabilmeni sağlayabilecek bir oyun