Folding for Our Future - Folding@Home

[Cuce]

bızım böle bişeyde daha önce üyeliğimiz vardı yahu?

baska bir araştırmamıydı o?

[Sam]

geforce 8 serisi veya radeon 2xxx serisi ve bunların üzeri ekran kartları olanlar high performance clients sayfasından gpu client'ı indirsin. oyun oynamıyorken devamlı açık bırakabilirsiniz, neredeyse hiç cpu ve ram kullanmıyor. (sadece %10 kadar cpu kullanımı c2d 2133x2 işlemci için, 42mb de ram kullanımı) hd video bile izledim rahatça arkaplanda çalışırken. sadece ekran kartının fan sesi yükseldi malum çalıştığı için.

[asinanyavuz]

Sam said:

bu arada anladığım kadarıyla eldeki work tamamlanıp sonucu göndermeden o istatistik değişmeyecek, bir de belli saat aralıklarıyla güncelleniyor galiba.

sanıyorum. çünkü bir ara istatistikler güncelleniyor bu 45 dakika alabilir diyordu sitede. bir de work package bitmeden göndermiyor konusunda doğru diyorsun sanıyorum.

[Ardeth]

ben de protein folding programı yazıyorum şu an dsdasf

benim ki low resolution ama daha hızlı sdf

[asinanyavuz]

distributed computing şaap, seninkini de kuralım :P

[Ardeth]

Fizikçi gibi yaklaşınca olaya şu öyle olsun bunları şöyle basitleştirelim diye diye ortada koca proteinden 100 merkezi olan bir yapı kalıyor heh :p ben hierarşik modellemeye inanıyorum önce düşük çözünürlüklü bulup sahte enerji kuyularını hızlı atlatıp sonra yüksek çözünürlükle final şekli elde etme gibi :p

buarada foldit oyununu okudum arkasındaki fikir çok başarılı hehe. her ne kadar olaya fiziksel bir açıklama getiriyor olmasa bile "machine learning" açısından baya iyi bir fikir.

ama ben "neden" sorusuna cevap getirmeyen projeye proje demem :p

Biara bende de yüklüydü bu 4 sene önce falan. O zaman ordaki beta-sheetlere falan bakıp "bunlar ne lan?" diyodum. Nerden nereye tey tey

[Angelotti]

whey protein.

[fizban]

oo gençler protein fold etmişiz demek istiyorum =p

[fizban]

ya şöyle diyebiliriz bu arada protein folding için,

proteinlerin aminoasit dizilimlerini biliyoruz şu an. fakat bizim için önemli olan işlevleri. ne yazık ki işlevleri öngörmek için, proteinlerin hücredeki 3 boyutlu şekillerini bilmemiz gerekiyor, bunun için deneysel metodlar var. fakat bu metodlar hem pahalı hem de zaman alıcı metodlar.

şu ana kadar 50,000 e yakın proteinin yapısı biliniyor tam olarak, x-ray ve nmr ile elde edilmiş (www.pdb.org ilgilenene). fakat protein dizilim sayısı çok daha fazla.

hepsininkini deneyle elde etmek imkansız olduğundan, çeşitli algoritmalarla bu dizilimlerin nasıl şekillere denk geldiğini bulmamız, en azından deneysel çalışanlara yol gösteren bir kaç şekil bulmamız hoş şeyler oluyor vs.

sonuç olarak bir proteinin şeklini bulduğumuz zaman, onun işlevini nasıl yerine getirdiğini de anlayabiliriz, ve onla ilgili bir hastalık olduğunda, direk onu hedef alan ilaç tasarlayabiliriz.

vs vs.

[Mayhem]

ya ben yükledim ama anlamadım ne işe yarıyor şimdi bu. açık kaldıkça proteinler birleşiyor falan sonra bilimadamları bu proteinlerimi mi izliyor :)

[Ardeth]

fizban yazmış işte türkçesini :p

[Cuce]

bu kadar cok sayıda proteini nasıl tarıyolar sonra?

bide sonucta daha önceden gözlenmiş 50.000 küsür protein baz alarak yapılmış bir algoritmaya göer diziliyor proteinler, hanı her şekilde bizim dizdiğimiz proteinler arasında aslında var olmıyan, veya var olan proteinler arasında bizim asla dizemiyeceklerimizde olmıycakmı?

[Ardeth]

evet tam olarak ben de bu sebeple "homoloji modelling" denen bu yöntemin hödük olduğunu düşünüyorum. Hatta çok benzer dizilimlere sahip olup da birbirinden çok farklı yapıları olan proteinler olabiliyor. Dolayısıyla gerek dizilim olsun, gerek proteinlerin ait olduğu canlılar olsun bu proteinlerin birbirine yapısal olarak benzer olup olmadığını anlamaya çalışan daha karmaşık algoritmalar (burda anlattığımdan çok daha karışık hehe) var. Ama yine de yaklaşık olarak 50000 şekli bilinen protein var belki de bi milyon tane dizilimi ama yapısı bilinmeyen protein var. Nereye kadar?

Ayrıca bence en büyük öncelik şekli bulmak değil zaten hangi fiziksel prensiplerin nasıl bir ilişki içersinde doğru sonuca gittiği olmalı heh. Bu tipe de AB initio deniyor (benim yazdığım program gibi :p ). Ben sevmiyorum "homology modelling"i nerdeyse hiç fizik yok içinde heh.

[Sam]

hayallerimizi yıktın ardeth. :( şaka bir yana bundan öğrenecekleri birşey yok mu cidden?

[Cuce]

elbet vardır ama anladığım kadarıyla biraz daha kör bir yöntem

[asinanyavuz]

Birden fazla yol ile simüle ediliyormuş. Konuya çok hakim değilim ama projenin ürünü paperlar da bu sayfada. Ben ümitliyim hehe.

[fizban]

ab inito modelling çok daha ilkel, adı üstünde zaten. ayrıca çok daha fazla hesaplamasal güç gerektiriyo. homology modelling o açıdan çok daha tercih edilen, yeni bir metod. ab inito larla daha kesin sonuca ulaşılsa da, sonuçta bu tip hesaplamaların amacı kesin olarak proteinin yapısını çıkarmak değil, deneysel çalışanlara bir rehber hazırlamak.

gayet yararlı birşey bu, ayrıca proteinlerim odellemeye önem sırasına göre gidiyorlar, ilk hedefleri hiv ve kanserdir kesin (okumadım da öyledir yani =))

[Ardeth]

ilkel ne yahu okuyan da 1950den kalma eski yöntem sanacak. AB inito demek proteinin şeklini alma aşamasını fiziksel kurallara bağlı kalarak açıklayan her yöntemdir. Bu yönde araştırmalar şu sıralar özellikle entropinin hesaplanması ve şimdilik ismi "hidrofobik kuvvet" olan kuvvetin "solven accesible surface" modellerle modellenmesi kısmında uğraşıyor. Ya da en azından ben öyle yapıyorum, ama insanlar entropinin ve bu tarz şeylerin hesaplanmasından kaçıyor gibi bu da en büyük "FAIL".

ab initioyu doğru çözünürlük açısından hierarşik bir şemaya ve katlanma sürecine oturtarak gerektiği zaman düşük çözünürlüklü modeller kullanarak yeterli hıza ulaştırılabileceğine inanıyorum. bu durumda üzerinden sadece fazla insan çalışmıyor zor geldiği için. Genel olarak fizikçiler ab inito modelleri ile ilgileniyor, bilgisayar bilimcisi bakış açısına sahip olanlar da "homology modelling" tercih edebiliyor büyük miktarda "machine learning" içerdiği için.

Bir fizikçinin "homology modelling" ile proteinler üzerine çalışmasının hiç bir manası yok, tam tersine saçma bile heh.

[Ardeth]

Sam said:

hayallerimizi yıktın ardeth. :( şaka bir yana bundan öğrenecekleri birşey yok mu cidden?

tabi ki var, yani proteinlerin şeklini tahmin etmek istemenin amacı nedir? protein şekillerini bulmak heh. Bu yöntemi doğru bir şekilde geliştirirlerse sonuçta şekli bilinmeyen proteinler için doğru şekiller bulurlar. Ama eğer yöntemleri ab initio değilse proteinlerin şekillerini bulurken, proteinlere doğadaki şekilleri veren fiziksel etkilerin ne olduğunu ortaya çıkarmazlar.

Ha şunu da diyeyim adamlar cambridgeda çalışan bir grup sonuçta, dandik bir proje üzerine bunca senedir yatırım yapıyor olmaları çok düşük bir ihtimal. Muhtemelen sonuçları iyi olacaktır ama adamlar eğer ab inito çalışmıyorlarsa bu proje sonucunda şunu diyemezler

"hede hödö dipol kuvvetlerinin ve de protein yan grubu entropilerinin protein katlanmasında şöyle bir önemi varmış"

ortaya koymaya çalıştığım fark bu. Yoksa adamlar bunca senedir edindikleri tecrübeyle beni katlayıp köşeye koyarlar.

edit: not projenin kapsamını bilmiyorum buarada ab initio değilmiş gibi davranmadım ama ab initio kısımları da olabilir

[fizban]

herşeyi türkçe yazmaya çalışırken becerememişim. ilkel değil basic olacak o. senin de dediğin gibi kuvvetlere vs dayanarak, 0 dan. hiç yoktan. insanların homology modelling üzerine çalışmasının sebebi, dediğim gibi amacın net bir structure elde etme çabası olmaması. yani sen 1-40. residue lar arası yapının secondary structure ının helix olduğunu bil, arada bir loop var, sonra bir beta sheet geliyo de, o bile yeterli sonuçta. öbür tarafta ab initio ile sen nasıl yapıyorsun bilmiyorum ama verim olarak çok daha az şey elde edersin.

[Ardeth]

asinanyavuz said:

Birden fazla yol ile simüle ediliyormuş. Konuya çok hakim değilim ama projenin ürünü paperlar da bu sayfada. Ben ümitliyim hehe.

baktım burdaki makalelerin bazılarına aralarında ab inito ve atomistik gibi gözükenler de var ama hangileri folding@home ile ilgili emin olamadım, bazıları daha bundan bağımsız çalışmarala benziyor.

Misal şu var:

21. Does Water Play a Structural Role in the Folding of Small Nucleic Acids?

Bu tarz şeyleri araştırtırıyor olmaları çok güzel çünkü ab initoda en eksik olan kısımlardan biri suyun doğru modellenmesi

[Sam]

yalnız şu kadar mesaja sadece üç kişiyiz takım listesinde görülen. :/

[aente]

merak ettim ben de katılcam akşam eve gidince kurarım, insanlığa bir faydamız dokunsun bare.