The Inner Life Of a Cell

[MrLevie]

arkadaşlar bayadır nette geziyor ama görmeyen vardır belki diye koyuyorum.

Harvardlı bazı arkadaşlar sağolsunlar uğraşıp sıkı bi hücre içindeki olayları anlatan bi animasyon yapmışlar. Bi biyoloji öğretmeninin oğlu olarak videonun köpeği oldum resmen....

The Inner Life Of A Cell

[Ardeth]

Hemen ben de bir genetikçi olarak utanmadan başka bir yerde yaptığım açıklamayı resmen cpliyorum

İlk başta gördüğünüz şey bir kan damarı. Onun üzerinde hareket eden de beyaz kan hücresi, onlar damarlarda reseptörler yoluyla öyle yuvarlanarak giderler ve bir açık gedik buldukları zaman ordan süzülüp (ki azıcık bir aralıktan bile geçebilen enteresan hücrelerdir) diğer tarafa geçerler, ordan gelebilecek patojenik vs maddelere karşı koymak için. Orda bir süre kan damarını oluşturan çeberin glikoprotein reseptörleri ve beyaz kan hücresinin reseptörleri arasındaki oynaşmayı gösteriyor :p

Daha sonra göstermeye başladığı telimsi ve kafesimsi yapı hücrenin bir nevi iskeletini oluşturan cytoskeleton yapısı. Orda böyle biraraya gelerek bir sarmal oluşuyor, o muhtemelen actin filamentler. Actinler hücreye dayanıklılık ve sertlik veriyor aynı zamanda da hücre zarının diğer tarafındaki glikolipidlerin falan hücre zarına bağlanmasını sağlıyor, ayrıca hücrenin şekil değiştirmesin, şurasını burasını oynatmasında görevleri de var. Orda actinlere birşey bağlanıyor ortadan kopuyor onun adı severing protein, onun yanında orda göstermediği nucleating protein, caping protein, cross-linking protein, side-binding protein vs gibi alet edevatları da mevcut. Daha sonra borumsu yeşil bir yapıya geçiyor ki onun adı microtubule. O mikroskop altında incelendiği sürekli uzayıp kısalan bir yapı olarak gözüküyor. Bunun nedeni son zamanlarda keşfedildi sanırım. Onun mekanizmasını tam hatırlamıyorum ama zaten onu anlatmak için detaya girmek gerekir. Ama oluşup oluşup parçalanıyor sürekli. Bundan sonra yine boğaziçi fizikten mezun olup biyomedikal masterı yapmış bir türk abimizin çalıştığı ekibin bulduğu şeyi gösteriyor orda çok duygulandım. Bu microtubellara bağlanan şeylerin nasıl taşındığını göstermiş. Üç proteinden oluşan bir kompleks var orda sürekli atp alıp veriyor ve böylece mancınığa benzer bir mekanizma ile hareket ediyor. Görüyorsunuz zaten bir vakül var orda, arada ince ip gibi birşeyle mikrotübüle bağlanmış gidiyor.

Kunteperin de söylediğin gibi orda daha sonra orda gördüğünüz iki tane çemberimsi şey var o, m-rna (messenger rna, ki kendisi dnada genlerden sentezlenip hangi proteinin üretileceğine dair bilgiyi baz diziliminde bir nevi kod olarak bulundurmaktadır.). Gördüğünü yeşil küçük hareket eden şey ise r-rna(ribozomal rna ki ribozom dediğimiz şeyi oluşturur kendisi) onun içinde bir yerlerde de t-rna olması lazım (nam-ı diğer transfer rna, m-rne e bağlanır ve onun kodunu okuyarak kendine aminoasitleri bağlar ve protein dizilimini yaratır). O gördüğünüz çıkan solucanımsı şey proteindir, genelde farklı aminoasit yan grupları, hidrofiliklik vs gibi etmenlerden dolayı hemen katlanır eğer hücre sıvısında oluşursa ama bir proteinin sadece amino asit dizilimine bakıp nasıl katlanacağını kestirmek çok zordur milyonlarca stabilite hesabı vs gerekir. Ama bunu istatiksel bilgilerle ve karşılaştırmalı örneklerle birleştirip, amino asit sıralamasından protein şeklini hesaplayacak program yazma çabası vardır az olsa bile (bir de kristologrofi denen fiziksel bir yöntem ile bir çok sayıda proteinin şekli bulunmuştur ama bu yöntemi her protein üzerine uygulamak mümkün değildir). Peki protein şekli neden bu kadar önemlidir? Bir proteinin şeklini ve hangi aminoasidin o şeklinde neresinde olduğunu bildiğimiz takdirde o proteinin ne işe yaradığını büyük ölçüde çözebiliriz, kobaylara fazla işkence etmeye ve zahmetli labratuar işlerine gerek kalmadan. Hatta benim de ilgilendiğim proje bu hemen de burda söyleyeyim hiç konuyla alakası yok ama daha bir sayfa konuşurum burda neyse :D

Daha sonra gördüğümüz yapı da ER(endoplasmic reticulum). Direk ER dememin sebebi orda hemen sonra tekrar protein sentezlenişini gösteriyor, bu sefer ise hücre sıvısından değil pürüzlü (rough :p) ER üzerinde bulunan ribozomları gösteriyor. O ribozomlar proteinlerin bir kısmını ERın içine doğru sentezler ve ER içinde çeşitli değişikliklere uğrar o proteinler. Son şekillerini de az çok ERdan çıkarken alırlar. Daha sonra sanırım ERdan içersinde birşeyler taşıyan vaküllerin kopuşunu gösteriyor.

Burdan golgiye geçiyor, golgi içersine daha tamamlanmamış moleküller girerek, lipidler şekerler vs eklenerek proteinler son şekline gelir. Golginin iki yüzü vardır cis ve trans. Cis ERa, transda hücre duvarına yakındır.

Bu noktadan sonra tekrar hücre dışına geçiyor ve bazı proteinler, enzimlerin vs salgılanışını gösteriyor. Ve az önce bahsettiğim olayı gerçekleştiriyor ak yuvar. Açık bir nokta bulup ordan süzülüyor dışarı doğru.

Ve evet bunlardan çok çok daha fazlası milyarlarca hücrede her saniye gerçekleşiyorki burda yavaş bile göstermiş olanları söz anlayın diye, daha hızlı oluyor genelde :p Ben de ilk biyoloji okurken böyle stres olurdum ne lan bu diye durup durup kendime bakardım falan ama geçti artık :p Beni açmadı labratuar zaten ben programlama modelleme kısmı ile uğraşıyorum artıkın.

[LasT_SuRviVoR]

lan millet kasmış animasyon yapmış ,Türkiyede" heyoo ben C biliyorum , opengl e hakimim !" diyen genetikçi yada biyologa nereleriyle gülerler söylemeye gönlüm elvermiyor....

[nedanko]

Bunu yapanlar Harvard'li degil benim bildigim kadari ile. Video'nun basinda yazan animasyon sirketi. Genelde boyle bilimsel icerikli videolar hazirlarlarmis, Harvard ve bu sirket ortakliginda hazirlanmis bu videoda.. ntvmsnbc'de cikmisti haberi..

[Ardeth]

C ve opengl? Arkadaşın dediği gibi bunu yapanlar özel bir modelleme şirketi, dünya üzerinde bir çok tam biyoloji veya genetik giden insanların bilgisayardan ortalamanın çok üzerinde anladığını sanmıyorum. Ancak biyofizik veya biyoinformatik gidenler biraz anlıyordur. Kaldı ki ne opengli c'si zaten bunu muhtemelen hazır bir modelleme programı ile yapmışlardır senin c dediğin opengl dediğin o modelleme programların yazılımı aşamasından olur modellerin yapılması için değil. Neyse türk insanı herşeyi bilir zaten herşey hakkında bir fikri vardır hehe

[ Mesaj 20 February 2007, Tuesday - 15:00 tarihinde, Ardeth tarafından güncellenmiştir ]

[LasT_SuRviVoR]

ii ben harvarddakiler yaptı sanmıştım